Em Roma, 1563, o Padre Jean Leunis, SJ., professor do Colégio Romano, organiza entre os alunos uma associação que propõe a seus membros: uma vida cristã exemplar e fervorosa, um trabalho apostólico como o ensino do catecismo e a visita aos hospitais e prisões e uma especial devoção à Virgem Maria. O grupo se caracteriza por uma rigorosa seleção dos membros e o cuidado na sua formação. Esta iniciativa começa a ser imitada em outros Colégios dos Jesuítas na Europa e na América, com o nome de Congregações Marianas.
Em 19 de novembro de 1584, morre em Roma o Pe. Jean Leunis. Sucede-o na direção das Congregações Marianas o Pe. Francisco Coster, SJ., que dá a primeira estrutura organizacional e em 5 de dezembro o Papa Gregório XIII, pela bula "Omnipotentis Dei" procede à ereção canônica da Congregação Mariana. Além dessa Bula a Congregação Mariana recebeu do Papa Sixto a Bula"Suerna dispositione". Do Papa Gregório XV a Bula "Alias por parte". Do Papa Bento XIV a Bula "Praeclaris Romanorum" e "Quo tibi". Já o Papa Clemente XIII a Bula "Apostolicum pascendi". Do Papa Clemente XIV a Bula "Commendatissinum". O Papa Leão XII pela Bula "Cum multa" e o Papa Pio IX pelo Breve "Exponendum nuper" e do Papa Leão XIII a Breve "Progiferas inter". E por fim o Papa Pio XII em 27/09/1948 a Constituição Apostólica "Bis saeculari die".

No Brasil, as Congregações Marianas existiram no período colonial, sobretudo nos Colégios da Companhia de Jesus e praticamente desapareceram com a expulsão dos jesuítas, em 1759. Em 1870, foi fundada novamente uma Congregação Mariana, agregada à Prima Primária, em Itu, São Paulo, e, a partir de então, tiveram elas notável crescimento em todo o País, quer em Paróquias ou em outros ambientes. Em 1927, iniciou-se o movimento federativo com a primeira Federação Estadual, em São Paulo.

Em 1937, criou-se a Confederação Nacional com sede no Rio de Janeiro. Foi o Brasil, nesta época, o líder, em todo o mundo, no número e crescimento de Congregações e Congregados. A mudança, em nível mundial, acontecida em 1967, não deixou de afetar a vida das Congregações Marianas no Brasil. Em 1970, em reunião nacional realizada em Juiz de Fora, Minas Gerais, foram por elas aceitos os Princípios Gerais, mas decidiu-se manter-se o nome tradicional de Congregação Mariana, aproveitando a liberdade concedida pela Federação Mundial das Comunidades de Vida Cristã, na Assembléia Mundial de 1967.

Em maio de 1988, o Conselho Mundial das Comunidades de Vida Cristã, mantendo o reconhecimento das Congregações Marianas no Brasil, admitiu também a representação, naquele Conselho, das primeiras Comunidades de Vida Cristã que, como tais, já começavam a existir no País. Criou-se assim, uma dupla presença do Brasil naquele Conselho Mundial, através de associações que funcionam completamente independentes uma da outra. Tal situação levou as Congregações Marianas do Brasil, na sua Assembléia Nacional realizada em novembro de 1991, em Aparecida, São Paulo, a aprovar um novo Estatuto da Confederação Nacional, no qual há uma referência explícita a uma Regra de Vida a ser elaborada, a qual, substituindo em âmbito de Brasil, os Princípios Gerais e as Normas Gerais, fizesse das Congregações Marianas do Brasil uma associação religiosa de leigos, autônoma, com a marca característica da devoção mariana, como sempre foram e continuaram sendo no Brasil. Esta decisão teve aprovação do Assistente Eclesiástico Nacional das Congregações Marianas, o Arcebispo do Rio de Janeiro, Cardeal Dom Eugenio Sales.

Em sua longa história, as Congregações Marianas, como verdadeiras "escolas vivas de piedade e vida cristã operante" (BS, 16; ver também BS, 12), deram, até o presente, à Igreja, pelo menos 62 santos canonizados e 46 beatos, 22 fundadores de Institutos Religiosos, mártires, missionários e leigos de vida cristã exemplar. De 1567 até agora, entre os 31 Papas que ocuparam a Cátedra de São Pedro, 23 eram Congregados Marianos, inclusive o Papa João Paulo II que, aos 14 anos, foi membro-fundador de uma Congregação Mariana, em sua cidade natal.

As Congregações Marianas do Brasil são associações religiosas públicas, no sentido canônico da palavra, de âmbito nacional, erigidas pela Conferência Nacional dos Bispos do Brasil que lhes aprova a Regra da Vida (Código de Direto Canônico, c.312 §1° nº 2 e c.314).